In de zomer van 1964 trokken twee groepjes van drie blanke, muziekminnende jongemannen onafhankelijk van elkaar naar Mississippi, op zoek naar blueslegendes  Skip  James en Son House. In een reconstructie van deze zoektocht vertellen de inmiddels grijs geworden mannen hun verhaal. De zoektocht vond plaats tegen de achtergrond van het bloedige geweld waarmee de invoering van het stemrecht voor zwarten gepaard ging in het diepe zuiden van Amerika.  De film laat de belangrijke rol zien die muziek had en heeft bij de overbrugging van de cultureel bepaalde kloof en bij het aanjagen van maatschappelijke veranderingen. De interviews met de mannen worden aangevuld met getuigenissen van andere, zowel hedendaagse als historische muzikanten en activisten, met soms schokkende archiefbeelden en uiteraard met heel veel muziek. Two Trains Runnin’ herinnert de kijker eraan hoe fragiel en zwaarbevochten de vrijheden zijn die zo vanzelfsprekend worden geacht en nu weer onder druk staan.